WunderWaffen (« armes miraculeuses ») se déroule durant la dernière année de la Seconde Guerre mondiale, lorsque le débarquement de Normandie a ouvert la voie à l'occupation de Berlin et à la défaite de l'armée allemande. Grâce à des règles simples, le jeu recrée la collaboration difficile entre les Alliés russes, britanniques et américains dans la phase finale de la guerre.
L'armée allemande est au bord de l'effondrement, mais dans ses laboratoires, scientifiques et techniciens conçoivent de nouvelles armes redoutables, les « WunderWaffen », dans l'espoir de renverser une situation désespérée.
Au cours de la partie, les joueurs alliés doivent trouver un équilibre entre l'urgence d'avancer rapidement vers Berlin et la nécessité de limiter les recherches scientifiques allemandes, tout en s'entraidant.
Le joueur allemand devra progresser sur la piste de recherche, tout en luttant désespérément contre l'avancée des Alliés afin de retarder au maximum l'inévitable défaite. Les Allemands peuvent également gagner, même s'ils perdent Berlin, grâce à un système de points qui récompense les résultats des forces sur le terrain.
